タイトルに「I」と「II」があるように、本作のストーリーモードは2部構成になっている。「I」はドリームキャストで発売された『PHANTASY STAR ONLINE Ver.2』を移植したもの。この『Ver.2』はオリジナル版の内容をそのままに、新ステージを追加し、さらに新しい武器やアイテムなどを加えたパワーアップ版だ。
そして「II」はゲームキューブ用に開発された新作。プレイヤーが活躍する舞台を一新し、密林ステージや、巨大な石で造られた神殿ステージなどが用意され、敵も見たことのない手ごわいキャラがつぎつぎと登場する。通常はネットにつないで最大4人パーティーを組んで冒険をするのだが、本作はオフラインの状態でも4人同時プレイが可能になった。しかも自分が育てたキャラをセーブしたメモリーカードを持ち寄っていっしょにクエストを攻略することができるのだ。
そのほか、『NiGHTS』などのミニゲームをダウンロードできるなど、ゲームボーイアドバンスとの連動も用意されている。(池村慎一)