ゲーム中に出題されるナゾ（パズル）を解きつつストーリーを進めていくアドベンチャーゲーム。ストーリー中には138のナゾ、ある条件を満たすことで出現する『レイトンからの挑戦状』に15のナゾの計153ナゾに加え、前作『レイトン教授と不思議な町』のパスワードを入力することで遊べるパズルも収録されている。