潜水艦「ノーティラス号」はインド洋、紅海、エーゲ海、地中海、そしてサルガッソ海、南極へと航海をつづける。数々の冒険を乗り越え、苦境を次々と脱するなかで、「ノーティラス号」は他の人間社会との接触も避けることはできなかった……そうしたなかで、ネモ船長の正体は少しずつ明らかになっていく。虜となった３人は脱出の機会をうかがう……