ケルベロスの暗号は多重解読が可能だった！　その結果、浮かび上がった『冥王星』のスパイ容疑者３名――本郷、片桐、真木を、Ｑクラスが追跡!!　スパイの正体は、誰!?　一方、リュウの失われた過去を埋める新たな“かけら”が明らかに！　それは、かつてメグが通っていた国立能力開発研究所。意外な接点を探れ!!