春爛漫、全員無事進級したSOS団。ハルヒは新団員に相応しい人員を上機嫌で捜していたが、古泉曰く、ハルヒの精神は不安定とのこと。その原因は春休みに再会したキョンの旧友が原因で…!?新章「分裂編」スタート!!