時は西暦2036年。新宿での危機を辛くも乗り越え、渋谷のシェルターを目指す荊（いばら）たち。生存者たちの本拠地であるその場所で、荊は1人の少女と出会う──。Dr.コッペリウスの陰謀が進行する中、荊は人々を救うことができるのか!?