夏休みの最後の夜、オールナイト映画をハシゴした高校2年の榊は、早朝の新宿駅で一人の少女に出会う。彼女の名は小牧ノブ──この日、榊たちの高校へ転校してきた同学年の女子だった。そして彼女は超国家的秘密機関に追われる、並外れた超能力の持ち主でもあった。その日から高校を異常事態が襲う。正体不明のヘリが墜落し、無人戦闘機が襲い来る。そしてノブの身を守るべく秘密裏に雇われた腕利きの私立探偵の奮闘もむなしくノブは連れ去られた。後を追った友人たちは横須賀港に停泊する巨大潜水空母に侵入するが。歴史を変えた4部作開幕！