魂が科学的に証明された世界――
桜野藤丸は白峰水音が襲われている現場に遭遇し、命を賭して彼女を助けることに。

死んで終わるはずの藤丸の人生は、水音の祖母であり魔導師にして白峰財閥元総帥の音羽の手によって、ホムンクルスの身体で蘇ることに。
ただしそれは女性体であり、蘇生中の自分の身体に戻るには、藤丸の霊力を強化する必要があった。

そして藤丸は、霊力を増幅するゾディアックストーンを求め、昼は女子高生、夜は怪盗メアットとして活動するのだった。