関ヶ原の戦いで西軍に就き、敗れた新免武蔵（しんめんたけぞう）。立身出世を望んで故郷の村を出た武蔵は生きる目標を失ってしまい、相棒・又八ともはぐれてしまった。
又八が行方不明になったことを彼の親族に伝えるべく村へ帰るも、残党狩りという名目で村人たちから非情な迫害を受けることになる。近寄るものを全て斬り殺してしまい、心も身体もぼろぼろになった武蔵の前に沢庵宗彭が現れる。
沢庵に出会い捕縛された武蔵は、自分の生きる道を説いてもらい、剣禅一如を目指し再び剣の道に生きる志を立て、名乗りを宮本武蔵と改める。
その後、武者修行の旅を始めた武蔵は、幾多の武芸者に出会い、成長していく。