ギルガメッシュとの激突から、難を逃れたセイバーと士郎。二人は初めて一夜を共にする……。夜が明けて、言峰教会に赴いた士郎だったが、そこには信じられない光景が待っていた。そして今、10年前の真実が明かされる――！