休職していた瀬文が未詳に復帰するやいなや、奇妙な銃乱射殺人事件が起きる。当麻と瀬文は捜査を始めるが、あの闘いの日日、当麻が瀬文に自身のスペックを隠していたことが、２人の仲を微妙なものにしていた。そんなとき事件の遺族である望が狙われる。実は真犯人の狙いは、スペックホルダーたちを匿っている警視庁の保護施設の場所を知ることだった……。劇場版へのステップ、スペシャルドラマが小説になって登場！