ゲンドウ・ユイたちが進めている研究を邪魔すべく、渚カヲルが派遣される。シンジに付きまとい、親密になっていく二人の関係を危険視したアスカ・レイは、シンジを取り戻すべく協力し、ある作戦を実行するのだった!!