ギアリー率いるアライアンス艦隊が未踏星域へ旅立ってのち、ミッドウェイ星系では、圧政を強いるシンディック体制を打破すべく、二人の司令官が立ちあがった。防衛を統括する女性司令官のイケニは、星系内に駐屯する機動艦隊から指揮権を奪い、陸上軍司令官のドレイコンは、暴虐行為を繰り返す内政保安局（ＩＳＳ）を武力制圧する計画だった。だが二人の行く手には、裏切り、密告、反逆などによるさまざまな障害が待ち受けていた！