香川県善通寺市に拠点を置く、対キッカイ要撃組織・フタナワーフは栂遊星の活躍で第一次要撃戦に勝利するが、その代償として全権司令官を失った。一方、遊星の恋人・公文土筆（くもん・つくし）は、反政府的思想集団と行動を共にする。計り知れぬ無力感を覚える遊星の想いを余所に、第二次要撃戦予定日が迫る。さらに進化を繰り返すキッカイとの戦いの行方は？　渡来体の真の目的とは？──異星生命体と二足歩行兵器の最終総力戦がはじまる。