『公安9課』が最優先ラインの攻性部隊とはなり得ていない、A.D.2027。 公安捜査の権謀術数に限界を覚える荒巻の前に現れたひとりの女─ 陸軍『501機関』所属・草薙素子三佐。 最高度のフィジカルと電脳戦スキルを備える一方、向こうみずで世慣れぬ未熟さをあわせ持つ草薙は、荒巻と不即不離の関係をたもちつつ、次々と発生する犯罪へと対処する。 だがそれは、ゆりかごたる501機関との関係を問い直すことでもあった。『攻殻機動隊ARISE』 ─これは草薙が少佐と呼ばれる前夜の物語である。