今回のメインは武器のエキスパートNikolaiです。ロシアに、あるGen Oneを探しにやって来たNikoですが、逆に彼らの罠に陥り捕らえられてしまいます。その時出会ったのが特殊な能力を持つRanata、美しいBreedmateでした。彼女は不本意ながらこのGen Oneに仕えている孤独な女戦士で誰にも心を許さず生きて来ましたが、Nikoには別の感情を抱くようになります。そして2人はある目的の為に共に動き出します。
　このシリーズも第5作目ということで、ストーリーはどんどん深くなり、登場人物も増えて来ました。NikoとRenataの恋愛劇もさながら、敵の動き、新たな仲間？や少女Miraの登場など、盛りだくさん。シリーズ当初はOrderとBreedmateがメインの展開でしたが、今作はNikoの他Orderの出番は少なく、次回のヒーローとなるAndreasの話が所々入っています。