エグリゴリとの戦いを終えた涼たちは、アームズの力は失ったものの、ようやく平和な日常を取り戻していた。だがそれも束の間、今度はエグリゴリの残存勢力が新たな作戦「プログラム・バンダースナッチ」遂行のため、日本に集結していた。