エルリック兄弟の師・イズミも参戦し、ますます激化する中央司令部での戦い。その中でホーエンハイムは単身、中央深層部の中核に辿り着いていた…。ホーエンハイムと血を分けたその分身、フラスコの中の小人（ホムンクルス）との人知を超えた戦い。一進一退のその攻防に終止符を打ったのは!?