京都パージ未遂事件から三週間後、マリーのもとに謎の通信が入る。ナオトたちは発信源である区画・三重に向かうが、そこは全てが停止したゴーストタウンと化していた！　都市最深部に潜入した彼らが見たのは、条約違反の“巨大兵器”と幼い少女の自動人形――『永遠』を体現する最強のＩｎｉｔｉａｌ－Ｙ――。榎宮祐×暇奈椿×茨乃が紡ぐオーバーホール・ファンタジー第二弾！