秀也の頑張りで少しずつチームワークが出てきた妖怪課の前に、謎の妖怪退治民間業者〈揺炎魔女計画（フレアウィッチプロジェクト）〉が現れた。妖怪に対する考え方の違いから対立することになるが、その陰には市政を巻き込む大きな陰謀が……!?