あらゆるものが秩序を失い混沌に満ちた近未来の東京を舞台に、悪魔の力を得た主人公が様々な思想に触れ新たな世界を創造していくRPG。本作は2003年2月にリリースされたタイトルの価格改定版で、『真・女神転生』シリーズとして初めてダンジョンや悪魔が3Dグラフィックスで描かれている。

   200X年、謎のエネルギー波によってボルテクス界へと変貌を遂げた東京。都内の高校に通う主人公はマガタマと呼ばれる悪魔の力を身体に宿すことで世界の終末を生き延びる。そしてプレイヤーは秩序と混沌、善と悪の狭間で揺れ動きながら新たな世界の姿を紡いでいく。

   プレイヤーは武器や防具を装備せずにマガタマから様々な力を得て敵と戦うことになる。マガタマは物理攻撃系、魔法攻撃系、回復魔法系など24種類が用意されており、レベルアップ時には装着したマガタマに応じたスキルを習得する。

 『真・女神転生』シリーズの最大の特徴である、敵対する悪魔との交渉は本作でも可能。TALKコマンドで友好的に会話を進めて味方に引き込めば、自分のパーティの戦力として活躍してくれる。また、戦闘を重ねることで悪魔にも経験値が入り、レベルアップして高位の悪魔へと進化する。

   複数の悪魔を掛け合わせて別の悪魔を誕生させる悪魔合体のシステムも健在。悪魔2体を素材とする2身合体は従来通りだが、新たにイケニエ合体が用意されている。これは合体時にイケニエとなる悪魔を追加することで生まれてくる悪魔のレベルを変化させるというもの。レベルの高い悪魔をイケニエに指定すれば生み出される悪魔のレベルも高くなるという仕組みだ。（Rei from Chiba）