ケイローンの首都惑星シュリシュクに粛正者の侵攻警報が轟いた。地球軍独立艦隊として、地球人類にも出撃命令がくだる。恵一たちは最新鋭の艦隊で、強大な粛正者の侵攻軍と戦うためモルダー星系へと向かう！