それでも惹かれあう。　またしても為(な)された再構築。　新たな世界で桐島(きりしま)ユウキに割り振られた役割は、これまで敵だったはずの九十九(つくも)機関の側に立つこと。しかも彼は、神鳴沢(かなるざわ)セカイを使役して世界を救う使命を帯びていた。　苦痛に満ちた“お務(つと)め”を果たすことに疲弊(ひへい)しているセカイは、ユウキに対して冷え切った態度を取るが、ユウキはあくまでも忠実に役割を果たしていく。そうするうち、縮まるはずのなかったふたりの関係はゆっくりと変化していくのだった。　そんな折、とある一夜の出来事が、彼らの距離を急速に近づけていくことになるのだが――