“進化の雨”を浴びた東京都殻寄市の市民は特殊能力を持つ新人類へと進化を遂げた。
彼らの出現により殻寄市内では怪事件が頻発!
さらに新人類を監視する“超人類たち”が現れ混乱に乗じて彼らは旧人類を一斉殺戮してしまう…!!
多くの犠牲者を出し、うちひしがれる祐の元に“6(シックス)”の開発者であるEDの娘・美帆が現れる。
二人は協力して“6(シックス)”の謎の解明に動き出す―――。