念願の公務員に採用され、京都市役所で働き始めた新米公務員の火乃宮祈理。彼女の務める『陰陽課』は、京都の町で人間に紛れて暮らす妖怪たち『異人さん』の生活を守る部署だった。そんな祈理の上司は、銀髪、赤シャツ、白ネクタイの、どう見てもチンピラな公認陰陽師の五行主任。凸凹コンビは今日も京都の町を駆け巡る。御苑の森に異人さんが現れたかと思えば、祈理に勝負を挑む陰陽師がやって来て、五山の送り火の夜には怪鳥が京都の空を飛び回る！　しかも更なる問題が勃発し、町を治める鬼と狐と天狗の惣領たちまで集まってきて……!?