「はじめまして、お兄ちゃん！」 ある日、主人公は妹「胡桃」と似た雰囲気を持つ女の子「みるく」と出会う。 みるくは魔法が存在する並行世界（魔法世界）からやってきた「もう一人の妹」だと 名乗ると、話を信じない主人公の目の前で魔法少女に変身して見せる。 驚く主人公に対してみるくは、とある事故で現実世界に散らばってしまった 魔法少女を覚醒させる不思議な力『ユメノツボミ（夢の蕾）』を回収するため、 主人公の力を貸して欲しいとお願いする。 主人公の力、それは普通の人には見えない『ユメノツボミ』を認識できる能力で、 主人公はみるくと協力して『ユメノツボミ』を探し始めることに。 しかし、思いも寄らぬ事態が発生する。 何と『ユメノツボミ』の力で、現実世界に魔法少女が誕生してしまったのだ！ さらに、妹の胡桃まで魔法少女になってしまって大騒動に。 現実世界で魔法の力を制御するのは大変難しく、力を暴走させてしまう魔法少女たち。 しかも、暴走した魔力の副作用で魔法少女たちはエッチな気分に襲われてしまう。 このままでは普通の生活もままならないと、主人公はみるくに相談する。 そして『ユメノツボミ』を回収して魔法少女を卒業するためには、 「ユメノツボミを成長させて花を咲かせる」必要があると知った主人公は、 少女たちの夢を叶えることで、ユメノツボミの花を咲かせようと決意する。 こうして、主人公と魔法少女になってしまった少女たちとの恋物語が幕を開ける。