カメックの魔法により、バラバラの毛糸にされてしまったヨッシーたち。世界にちらばってしまった毛糸を見つけ出してヨッシーを助け出そう。

敵をペロリと毛糸玉にして投げて攻撃したり、結び目をほどいてみたり。毛糸ならではのアクションでいろいろな仕掛けを解いていく。

アクションが難しくて先に進めないときは「エンジョイモード」の出番。空を自由に飛べるはねヨッシーでプレイでき、回復アイテムも2倍になるので安心。

2人でのマルチプレイにも対応。2人で協力してコースクリアを目指そう。

amiiboにも対応。ヨッシーのamiiboをタッチすると、もう1匹のヨッシーが登場。1人でも2人プレイの感覚で楽しめる。ヨッシー以外のamiiboでは、対応キャラクター柄のヨッシーに変身。