長野の山奥で起こった住民消失事件。それを解決するため派遣された陸上自衛隊特殊部隊サイレント・コアの土門康平一佐は、その現場でひとりの少女を保護する。彼女の体内には見たこともないメモリ機器が埋め込まれており、そこには動画データが――この世界にはもういない人物から、司馬と姜を名指しして「自分たちを助けてほしい。われわれが全滅したら、この被害は拡大するだろう」というメッセージが記憶されていた。検証を重ねた結果、土門は最強コマンド・司馬は残し、原田＆姜小隊を連れ、《彼》の救出を決意するが……。