養い親のもとを離れ，転地のため海辺の村の老夫婦にあずけられた少女アンナ．孤独なアンナは，同い年の不思議な少女マーニーと友だちになり，毎日二人で遊びます．ところが，村人はだれもマーニーのことを知らないのでした．