バチカンの「奇跡調査官」である美しき天才科学者・平賀と暗号解読のエキスパート・ロベルトが調査に赴いた学院で奇怪な連続殺人が起こる。そして2人は学院に隠された衝撃の真実に辿り着き…。黒の学院編、完結!!