国立防衛中学「NERV」では謎の巨大生命体との決戦に備え、新兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットを育成している。世界中から有能なゲーマーを集めた学園で、シンジ達は「エヴァ」のパイロットになれるのか!?