シンジの母「ユイ」が生存する新たな「学園エヴァ」登場！ 第3新東京市で父ゲンドウ・母ユイと一緒に暮らすシンジ。幼馴染みのアスカと一緒に登校してはトウジ、ケンスケにからかわれる日々を送るシンジは、ある日帰宅すると、不思議な雰囲気を持つ少女レイと出会う――。