ある日、ジョーは謎の少女・ヘレンを助ける。科学者である彼女の父は、ブラック・ゴースト団の命に従わないため行方不明だという。一方、世界中に恐怖をまき散らす敵を倒すため、ギルモア博士は水陸空地底用乗り物「ドルフィン号」を作り上げていた。ヘレンの案内で目指すは、敵のアジトがある地下帝国……！　そんな折、電波ジャックしたブラック・ゴースト団が、全世界へ向け世界征服を宣告。ニューヨークを破壊した……!?