昔から日本では正義と悪の妖怪たちが熾烈な争いを繰り返していました。しかし、最近バランスが崩れて正義の妖怪陣営は防戦一方です。この危機を何とかしようと国も裏で動いて悪の妖怪と戦える特殊な能力を持った子供たちを養育していました。それが巫子（ミコ）達3人なのです。まだまだ成長過程の彼女たちは人間界最強の木場（キバ）先生に連れられて遊撃学級として旅をしています。河童（カッパイ）を仲間にして天狗の里のへ。