真希とクランが姿を消してしまうという一大事に、残された皆の不安が募る。決して欠かすことのできない人を探し出すため、孝太郎は少女たちと必死の捜索をはじめるが、原因が分からぬまま事態はどんどん進んでしまう。そして、最大の試練にぶち当たった孝太郎が最後に辿り着いたのは、あの場所だった――「……孝太郎、ずっと、あなたを待っていました……」六畳間の最大の謎が明かされ、新たな季節が動き出す！