遠い昔、魔法の国エクエストリアで。 エクエストリアでは、二頭の特別なポニーがそれぞれ昼と夜をつかさどっていた。だが、一方のポニーが孤独のあまり心を悪に染めナイトメアムーンへと変身。エクエストリアを永遠の夜に包み込もうとする。 ナイトメアムーンの姉であるプリンセス・セレスティアは、この国で最も強力な魔法"エレメント・オブ・ハーモニー"の力で妹を月の中に封じ込めた。 1000年後。プリンセス・セレスティアの弟子、トワイライトスパークルはナイトメアムーンの封印が弱まっている事に気付き、夏至の祭りの準備をしていたセレスティアにその事実を知らせた。 しかし、セレスティアは「祭りが行われるポニーヴィルへ行き、準備を監督しなさい。あと友達をつくること。」と答えるのみ。しぶしぶポニーヴィルを訪れるトワイライト。そこで彼女は、個性的な街の住民たちから熱烈な歓迎を受けるのであった。 果たしてトワイライトは失われた"エレメント・オブ・ハーモニー"を発見し、ナイトメアムーンの野望を阻止する事が出来るのだろうか。