西暦二〇九六年、七月。今年も、魔法科高校生にとって夏最大のイベントである全国魔法科高校親善魔法競技大会、通称『九校戦』が開催される。しかし今年の『九校戦』はひと味違っていた。　競技種目及びルール改定。　本番まで残すところ一ヶ月の段階でもたらされた何の前触れもない大幅変更に、魔法科高校各校は慌ただしい対応を迫られる。　そんなある日、九校戦の作戦立案に当たっていた達也の元へ、匿名のメッセージが届けられる。　それは、九校戦を舞台とした新たな陰謀の存在を示唆するもので――。　華やかな競技の裏で繰り広げられる暗闘。昼なお暗い富士の人工樹海を駆け抜ける達也が、背信の陰謀に挑む！　『二学年度の部』九校戦編登場！