ダイヤ対マーズ、パール対サターン。そしてあらわれた第三の幹部ジュピター。しかし、3人の奮闘もむなしく、ギンガ爆弾は落下、伝説のポケモンは敵に奪われてしまう。危機、また危機のポケモンストーリー。