禁断魔法を使ったことを瑠璃にも知られてしまったアトリとレオンは、瑠璃を仲間に引き入れ禁断魔法の秘密を探る。しかし、禁断魔法の使用を捜査する魔導警察のインディゴの策略によって、アトリとレオンの秘密がバレてしまう。危機に瀕したその時、学校内で禁断魔法のひとつである生物魔導兵器が現れ、生徒達が巻き込まれた――助けを求める生徒達を前にインディゴが取った行動とは――そして、アトリが二度目の禁忌を犯す――。