ある日、はじめたちが登校すると、６年生の各クラスの黒板に謎の文字が記されていた。その暗号は、どうやら『どくろ桜』に関するものらしい。花が咲くと、どくろの顔に見えて、生徒たちから気味悪がられている『どくろ桜』。その木の下には、どくろ先生に食べられた生徒の骨が、たくさんうまっているという－－。『どくろ桜』にまつわるうわさを調査し始めた冒険クラブに、次々と恐ろしいできごとが起こる！