ツノの生えた謎の少女・ゼロツーとの「FRANXX（フランクス）」搭乗に成功し再び操縦者（パラサイト）として生きる希望を見出したヒロ。そんな彼のそばで複雑な思いを抱えるリーダー・イチゴ。だがその時、ヒロたちが所属する13部隊は初めての実戦に臨むことに!?