「超電磁砲（レールガン）のクローンがこの街に存在する」 そんな都市伝説を聞きつけた美琴は、デマだと思いながらもその真相を調べ出す。そしてある日、ついに美琴は自分のクローンである 「妹達（シスターズ）」 の一人と出会い、隠されていた残酷な真実にたどり着く……！