審神者（さにわ）によって顕現された付喪神・刀剣男士達は、時代を遡り歴史の改変を目論む時間遡行軍を倒す為己が刀を振るう。新たなる指令｢慶応四年の江戸、勝海舟と西郷隆盛の会談の警護｣を受け江戸へと向かう第二部隊。時間遡行軍の蠢動を収めることはできるか!?