加賀百々は一見、ちょっと天然な普通の女子高生だが、実は神と人をつなぐ「在巫女」見習いだ。
稲荷の神使・香佑焔に見守られながら、警察の「百々担当」で、寡黙だが頼れる東雲天空からの依頼をこなしたりと、日々修業に励んでいる。
ある日、百々と同じ神社の巫女・桐生華へのストーカー目的の絵馬が神社に掛けられている事実を知り、百々は東雲に相談する。
東雲にもらった助言を取り入れ、百々は華を守るために行動するが、犯人もどんどんエスカレートしてきて――!?