佐田教授らと共に後鳥羽上皇遺跡発掘のため、隠岐の中ノ島を訪れた浅見光彦。上皇の祟りがあると騒いでいた老人が溺死体で発見され、そのうえ、佐田教授も謎の変死を遂げた。一方、白倉教授と共に隠岐の村上家を訪れた女子大生佐治貴恵は、そこで、後鳥羽上皇から藤原定家に宛てた、時価数十億といわれる「源氏物語絵巻」に関する秘密の古文書を発見するが……。伝説の島・隠岐を舞台に、名探偵浅見が後鳥羽上皇の謎に挑む。