【『沈黙の艦隊』9～12巻を収録した超合本！※内容はコミックス発売当時と同様です。】独立国家「やまと」との同盟を決意した日本政府は、国連安保理事会において同盟案の承認をえるべく、各国大使に対して必死の説得を続ける。一方、米第3艦隊への総攻撃で通常兵器を使い果たし“核”のみを搭載する「やまと」は、日本政府の要請に応じ大島沖に浮上。米原潜部隊が待ち伏せる東京湾に近づきつつあった。