過去の記憶をなくし、抜け殻同然に生きていた少年・ヒジリ。彼は、ある研究所から逃亡してきたイミテとディンに出会うことで、擬似ナイトフライオノートなる異形の敵との戦いに巻き込まれる。その戦いの中、ヒジリは、自らも想像しえなかった新たなる姿「スカーレッドライダー」へと変身するのだが――!?