世界を襲った未曾有（みぞう）の大災害以降、「影憑」（かげつき）という正体不明の存在に脅かされている帝都桜京（ていとおうきょう）。これに対処する「神憑特殊桜小隊」（かみつきとくしゅさくらしょうたい）の初音未來と鏡音 鈴、鏡音 錬は、帝都桜京學院に通う學徒兵だ。勉學に遊びに街の治安維持にと日々奮闘する彼女たち。そんな中、帝都に大サーカスがやってきて……。