月臣学園1年生の鳴海歩は、ある日、校舎の屋上から一人の少女が転落するのを目にする。その事件をきっかけに、歩は同じ学園の先輩である結崎ひよのとともに、「ブレード・チルドレン」と呼ばれる特殊な境遇の少年・少女たちの謎を追うこととなった。その過程で、歩は失踪した兄・鳴海清隆に対する複雑な感情と向き合うことになる。