現代日本の男子高校生・樹は、友人が勇者召喚されるのに巻き込まれ、異世界に転移してしまった。最初は一般人として過ごしていた樹だが、人の言葉を話すフクロウとの出会いで忘れていたある記憶が蘇る。なんと、樹の魂は幼い頃に異世界に渡ったことで、命を生み出す世界樹に宿る精霊になっていたのだ。現在、世界樹には異変が起きており、その影響で各地に災厄が発生しているという。異変の原因を突き止めるべく、樹は世界樹への旅を始める――！